El juicio de JOH se caracterizó por ser una cronología de cómo los diferentes carteles de la droga comenzaron a relacionarse con la clase política hondureña que ha predominado a lo largo del siglo XXI. La pieza clave fueron los narcotestimonios. 

Durante la fase inicial del juicio los narcotraficantes condenados en Estados Unidos, Alexander Ardón, exalcalde del departamento de Yoro; Luis Pérez, colombiano y exintegrante del Cartel de Sinaloa; Devis Rivera Maradiaga, del cartel de Los Cachiros y Fabio Lobo, hijo del expresidente Pepe Lobo, por mencionar algunos, brindaron sus testimonios acerca de sus vínculos con JOH y la política hondureña. 

De lo dicho por los delincuentes confesos, destaca la entrega de sobornos a Tony Hernández e Hilda Hernández, hermanos de JOH, para apoyar económicamente las campañas políticas del expresidente. Además, la mención de Manuel Zelaya, esposo de la presidenta Xiomara Castro, y Pepe Lobo, presidente de Honduras antes de Hernández, en la recepción de sobornos por parte de narcos. 

A raíz de estas declaraciones, a pesar de que expertos en la materia consideran que la decisión fue arriesgada e inoportuna, en la última fase del juicio Juan Orlando subió al estrado para brindar su punto de vista respecto a lo que había sido mencionado en las diferentes sesiones. Sin embargo, más allá de esclarecer su situación, sus declaraciones fueron ambiguas e inconclusas, abriendo el paso para que la fiscalía contrarrestara sus argumentos. 

Por ejemplo, durante la participación de Hernández, se mostraron algunas fotografías del expresidente con algunos miembros del cártel de los Valle Valle, las cuales él desestimó por decir que la calidad de la imagen no le permitía distinguir bien a las personas retratadas. Asimismo, mencionó que su relación con Tony no era cercana, pero, al mismo tiempo, reconoció que fue él quien le recomendó buscar un buen abogado e ir a presentarse a Estados Unidos para clarificar su situación con la DEA. 

Para cerrar el juicio, la fiscalía llamó a un oficial de la Oficina de Alcohol, Tabaco, Armas de Fuego y Explosivos para identificar una serie de armas de grueso calibre que, supuestamente, sirvieron en la conspiración de JOH para importar drogas a los Estados Unidos. Dentro del arsenal, se encontraban más de 15 tipos de armas pero solo fueron presentadas ante el jurado 4: una M-16, el AK-47, el M-60 y el RPG.